Phương pháp điều trị ưu tiên hiện nay là sử dụng fluconazole, 200 mg vào ngày đầu tiên, tiếp theo là dùng liều hàng ngày 100 mg, kéo dài ít nhất 21 ngày. Điều trị nên tiếp tục trong 14 ngày sau khi giảm triệu chứng. Các lựa chọn trị liệu khác bao gồm:

• nystatin không phải là một cách điều trị hiệu quả cho bệnh nấm Candida thực quản. Sử dụng khi điều trị nấm candida miệng, bệnh vốn hay xảy ra khi sử dụng máy bơm hen. Không được nuốt
• triazoles cho đường uống, chẳng hạn như itraconazole
• caspofungin, được sử dụng trong các trường hợp khó chữa hoặc lan ra toàn thân
• amphotericin, được sử dụng trong các trường hợp khó chữa hoặc lan ra toàn thân